علت نامگذاری این روز، بنا به آمار بنیاد شهید انقلاب اسلامی، کشته شدن دو نفر در اعتراضات انقلاب ۱۳۵۷ است که یکی از آن‌ها دانش‌آموز بود، و در صبح روز ۱۳ آبان ۱۳۵۷ در محوطه دانشگاه تهران تجمع انجام داده بودند.
در صبح روز ۱۳ آبان ۱۳۵۷ دانش‌آموزان تهرانی به نشانه اعتراض در محوطه دانشگاه تهران جمع شده بودند، هدف تیراندازی مأموران دولت جعفر شریف‌امامی قرار گرفته و کشته شدند. در این اعتراض که با همیاری قشرهای دیگری از مردم نیز همراه بود، با شروع شلیک گاز اشک‌آور و سپس گلوله، ۱ دانش‌آموز کشته شد و ۳ نفر دیگر مجروح شدند.
دوشنبه ۱۶ بهمن ۱۳۵۷ جمعی از دانش آموزان مدارس پایتخت طی بیانیه‌ای اعلام کردند: ما دانش آموزان ایرانی روز شنبه سیزدهم آبان ۱۳۵۷ را به عنوان روز دانش آموز اعلام نموده و قصد داریم هر ساله با یاد شهیدان جنبش دانش آموزی در این روز بر وحدت و یکپارچگی خود بیفزاییم. به منظور گرامی‌داشت این روز، ۱۳ آبان در تقویم جمهوری اسلامی ایران به عنوان روز دانش‌آموز نامگذاری شده‌است.
پیام امام خمینی (ره)
حضرت امام در پیامی به همین مناسبت فرمودند: «.. عزیزان من صبور باشید، که پیروزی نهایی نزدیک است و خدا با صابران است … ایران امروز جایگاه آزادگان است… من از این راه دور، چشم امید به شما دوخته‌ام … صدای آزادیخواهی و استقلال طلبی شما را به گوش جهانیان می‌رسانم».